Em 1993, teve início nesta cidade, para todos os recém nascidos, a coleta para o Teste do Pezinho - um exame rápido de prevenção que utiliza gotas de sangue do calcanhar do bebê para diagnosticar doenças que, se não tratadas, podem levar à deficiência intelectual e causar outros prejuízos à qualidade de vida das pessoas. A princípio, a coleta era realizada pela APAE Batatais e pela Santa Casa. Porém, na Santa Casa, não havia uma sala de espera específica para os recém-nascidos e, com o propósito de evitar a exposição a infecções, a APAE Batatais passou a ser responsável pela coleta de material para realização do Exame do Pezinho. Aproveitando a oportunidade do contato com o recém-nascido e seus familiares, a entidade passou a oferecer outros serviços especializados e orientações diversas sobre o desenvolvimento integral do bebê e a prevenção de deficiências. De 1993 a 2009, 12.013 recém nascidos foram atendidos pela APAE Batatais.

Segundo Estudos da Organização das Nações Unidas, 70% das deficiências podem ser evitadas. Porém somente por meio de medidas educativas e disponibilização de serviços especializados, é possível minimizar a ocorrência de deficiências. A entidade se destaca por ter sido a primeira APAE a implantar o projeto “Prevenção: a Única Solução” elaborado pela Federação das APAEs do Estado de São Paulo. Com um trabalho de parcerias e mobilização em rede, utilizando como base o decálogo de prevenção às deficiências, de autoria do médico Dr. José Américo Fontes, muitas conquistas foram alcançadas como: pediatra na sala do parto; aplicação do teste apgar nos primeiros minutos de vida do bebê; ampliação das ações referentes a vacinações e incentivo ao aleitamento materno; implantação de aconselhamento genético, atendimento à gestante e ao bebê de risco.